إعداد مكتبة Nanopore تسلسل - تحليل samplix خلية واحدة

عالية الدقة أداة إعداد مكتبة الجينات

إعداد مكتبة Nanopore تسلسل - تحليل samplix خلية واحدة: تدفق عالية خلية واحدة ، جزيء واحد ، نانو الجسيمات مستحلب قطرات التعبئة والتغليف ونظام الفرز

واي يييمكن تحقيق جزيء واحد ، الخلية ، عضية ، نانو الجسيمات التعبئة والتغليف عالية الإنتاجية الفرز . تغليف الحمض النووي يسمح لك الشاشة الكبيرة والمعقدة بنوك الجينات بسرعة .

إكس دروبإعداد نوع

إعداد مكتبة Nanopore تسلسل - تحليل samplix خلية واحدةفائدة نموذج متعدد الوظائف وسهلة الاستخدام أداة تستخدم لإعداد الثدييات الحية أو الخلايا الميكروبية ، العضيات ، الحمض النووي أو غيرها من المواد البيولوجية عالية الدقة المصب التحليل .

باستخدام لدينا عدة xdrop ، xdrop بسرعة وأمان حزم الخلايا الحية ، العضيات ، أو أجزاء من الحمض النووي جنبا إلى جنب مع تحديد المواد الكيميائية في درجة عالية من الاستقرار ، وارتفاع حجم الجلد المزدوج مستحلب قطرات . قطرات مستقرة من خلال نقل ، دوامة ، الحضانة ، التدفق الخلوي ، والفرز ، وحتى التخزين على المدى الطويل . ما هو أكثر من ذلك ، يمكن استرداد الخلايا من قطرات من أجل تضخيم .

جنبا إلى جنب مع التقنيات التحليلية المناسبة ، وتشمل تطبيقات XDROP :

الإنسان الخلايا المناعية والخلايا القاتلة الطبيعية

2 - إفراز الإنزيمات من الخلايا الميكروبية

إفراز السيتوكينات من خلايا الثدييات

4 - التحقق من تحرير الجينات ، بما في ذلك تقييم عرضي في إعادة ترتيب الهدف وغاب

مع مساعدة من xdrop ، يمكن للباحثين الحصول على فهم أفضل وظيفة الخلية وعلم الجينوم من البشر والحيوانات والنباتات والكائنات الحية الدقيقة . xdrop أيضا يمكن أن تولد قطرات مستحلب واحد عن غيرها من العمليات ، بما في ذلك التعبئة والتغليف الحمض النووي الجينوم الكامل غير متحيز التضخيم . نحن نقدم مجموعة كاملة من الكواشف ، ومجموعات إكسدروب وملحقاتها . وبالإضافة إلى ذلك ، فإن تدريب المستخدم هو جزء من معيار xdrop تركيب الخدمة .

هيمنة

1 - xdrop يمكن استخدامها لتحديد وظيفة ، الحضنة ، المظهري التحليل والفرز من الثدييات الحية أو الخلايا الميكروبية في مستقر للغاية مستحلب مزدوج قطرات .

xdrop يساعد على الإجابة على الأسئلة الرئيسية في هندسة الخلايا والعلاج الجيني .

xdrop يدعم الهندسة الجزيئية سير العمل ، بما في ذلك تطور انزيم هندسة المسار .

4 - Xdrop لديه واجهة سهلة الاستخدام وتحتل مساحة أصغر ، مما يجعل كل مختبر البيولوجيا الجزيئية قادرة على استخدام * وظيفة ميكروفلويديك .

طبقة مزدوجة مستحلب كيت

جميع الكواشف الواردة في مجموعات ، كل عملية يمكن أن حزمة الملايين من الخلايا أو الجزيئات .

Xdrop فرزاختيار إعداد

هذا العضو الجديد من عائلة xdrop يمكن أن تولد وفرز قطرات مستحلب مزدوجة في سهل الاستعمال سير العمل دون الحاجة إلى أي تجربة الفرز على أساس مضان الخلية .

سير العمل يبدأ مع التقاط 100 كيلوبايت من الحمض النووي شظايا صغيرة وحيدة الخلية أو غيرها من المواد البيولوجية من قطرات السائل مستقرة للغاية ، والتي يمكن استخدامها في بكر و نشاط انزيم التقييم . قطرات ثم يتم فرزها على أساس مضان من إدراج قطرات فقط للحصول على عينات من الفائدة عالية الدقة المصب التحليل ، على سبيل المثال :

التحقق من عدم وجود أخطاء غير متوقعة في إعادة ترتيب PCR مخبأة من قبل crispr المحرر

التعرف على الفيروسات المعدلة وراثيا مواقع التكامل

تقييم نشاط انزيم على مستوى خلية واحدة

أداء هذه الشراكه الفرز

ميزة

• القدرة على تخصيب شظايا طويلة مستهدفة

· حساسية عالية -- الكشف عن جزيء واحد

· الحفاظ على الطبيعة الداخلية للحمض النووي

· تقريبا لا يتطلب معرفة تسلسل السابقة

· متوافق مع تسلسل PacBio ، Nanopore و Illumina

· سهولة الإعداد من خلال نظام ميكروفلويديك التلقائي

• تقليل وقت الدوران من أسابيع إلى أيام

تطبيق

• التغيرات الهيكلية

• عينات معقدة ( مثل خزعة السرطان )

• المناطق التي يصعب التسلسل فيها ( مثل المناطق الغنية بالغليكوزيل )

إغلاق الفجوة الجينية

• التنميط الجيني / التنميط الجيني / فرداني

· ربط الجينات المقاومة مع المضيف

· تسلسل المناطق المنخفضة الوفرة

• تكرار التقييمات الإقليمية

· عينات تحتوي فقط على الحمض النووي نانوغرام

المواد المساعدة

1 ، de50 خراطيش الحبر - تستخدم لتغليف خلايا الثدييات في قطرات مستحلب مزدوجة

مستقرة للغاية ~ 100 لتر من الجلد قطرات مستحلب مزدوجة تم إنشاؤها لتغليف خلايا الثدييات و تحويل الخلايا الكبيرة في خلية واحدة الكشف . سير العمل باستخدام xdrop de50 cartridge يشمل إفراز السيتوكينات و cytotoxicity الفحص . ببساطة تحميل الكواشف والعينات ، ووضع عدة في Xdrop ، ثم تشغيل البرنامج .

تشغيل 8 عينات في وقت واحد أو بشكل منفصل

ما يصل إلى 500 ، 000 قطرات من السائل يتم إنشاؤها في كل ممر في 8 دقائق و حضنت مع الخلايا في co 2 حاضنة .

استعادة الخلايا المحددة للتوسع

2 ، de20 خراطيش الحبر - تستخدم لتغليف الخلايا الميكروبية ، العضيات ، أو أجزاء طويلة من الحمض النووي في قطرات مستحلب مزدوجة

استخدام منفصلة xdrop de20 العمود لإنتاج مستقرة للغاية حوالي 1.5 لتر من قطرات مستحلب مزدوجة لتغليف الملايين من الخلايا الميكروبية ، العضيات ، أو الحمض النووي . كل قطرة بمثابة حجرة واحدة خلية القرار أو الحمض النووي المستهدف التخصيب . ببساطة تحميل الكواشف والعينات ، وضع عدة في xdrop أو xdrop نوع ، ثم تشغيل البرنامج .

تشغيل 8 عينات في وقت واحد أو بشكل منفصل

في غضون 45 دقيقة ، ما يصل إلى 10 مليون قطرات من السائل يتم إنشاؤها في كل ممر في خلية ثقافة co2 الحضنة .

استعادة الخلايا المحددة لتمديد سير العمل لضمان خالية من التلوث

3 ، de20 الفرز مربع - تستخدم لفصل الحمض النووي أو الخلايا الصغيرة التي تحتوي على قطرات مستحلب مزدوجة

نوع جديد من xdrop de20 فصل مربع يستخدم لفصل مستحلب مزدوجة قطرات تحتوي على الحمض النووي الفلورسنت أو الخلايا الصغيرة . هذا نظام سهل الاستخدام مصممة للاستخدام مع لدينا أداة جديدة ، xdrop نوع ، دون الحاجة إلى الخبرة في مجال الفلورسنت فارز . مجرد تحميل الكواشف والعينات ، وضع عدة في xdrop نوع ، ثم تشغيل برنامج الفرز .

تشغيل ما يصل إلى 8 عينات في وقت واحد كل يوم لفرز المليارات من قطرات لضمان سير العمل خالية من التلوث

4 ، se85 خراطيش الحبر - استخدام الحمض النووي ، والجيش الملكي النيبالي ، العضيات أو الخلايا الصغيرة في مستحلب واحد قطرات ملفوفة

استخدام منفصلة xdrop se85 خرطوشة لإنتاج مستحلب واحد قطرات لتغليف الملايين من الجزيئات ، العضيات ، أو الخلايا . كل قطرة بمثابة حجرة في جزيء واحد أو خلية واحدة القرار . ببساطة تحميل الكواشف والعينات ، وضع عدة في xdrop أو xdrop نوع ، ثم تشغيل البرنامج .

تشغيل 8 عينات في وقت واحد أو بشكل منفصل

توليد أكثر من 50 ، 000 قطرات في 40 ثانية لكل ممر لضمان تدفق العمل خالية من التلوث

تطبيق .

xdrop يستخدم تكنولوجيا ميكروفلويديك الملكية لتوليد مستقرة للغاية ثنائي مستحلب مستحلب واحد قطرات لتغليف المواد البيولوجية .

هذا تنوعا وسهلة الاستخدام أداة حزم مكونات الحياة ، مثل الثدييات الحية والخلايا الميكروبية ، أو شظايا طويلة من الحمض النووي ، لمجموعة من الأغراض المصب ، بما في ذلك الفقس ، والتحليل ، والتصنيف ، التحليل الطيفي الجزيئي .

على أساس الملكية xdrop ميكروفلويديك التكنولوجيا ، xdrop نوع يزيد من القدرة على فصل ثنائي مستحلب قطرات الفلورسنت على أساس تغليف المواد البيولوجية .

وفيما يلي بعض الطلبات المقدمة من الممثلين .

تحليل وظيفة الخلية

· الخلايا المناعية البشرية والخلايا القاتلة الطبيعية

· إفراز الإنزيمات من الخلايا الميكروبية

خلايا الثدييات تفرز السيتوكينات

تطبيقات علم الجينوم :

• التغيرات الهيكلية

• عينات معقدة ( مثل خزعة السرطان )

• المناطق التي يصعب التسلسل فيها ( مثل المناطق الغنية بالغليكوزيل )

إغلاق الفجوة الجينية

• التنميط الجيني / التنميط الجيني / فرداني

· ربط الجينات المقاومة مع المضيف

· تسلسل المناطق المنخفضة الوفرة

• تكرار التقييمات الإقليمية

· عينات تحتوي فقط على الحمض النووي نانوغرام

تطبيقات علم الجينوم النباتي :

• إثراء مناطق معينة من الجينوم في الأصناف النباتية

· الكشف عن هيكل الكتلة الحيوية الجينات في أصناف الشعير دون الإشارة إلى الجينوم

· سد الفجوة في هيكل الكتلة الحيوية الجينات في أصناف الطماطم

أمثلة التطبيق :

1التضخيم الدقيق من الجينوم

في الواقع ، أكثر من 99 ٪ من الجينوم المستهدف تغطيها مكتبة تسلسل القراءة .

باستخدام تقنية xdrop DMDA التضخيم ، جميع الجينات يمكن تضخيمها بدقة ودقة حتى عندما مدخلات منخفضة مثل 1 جزء في المليون .

المرحلة الجينية

cyp2d6 * 7 اليل تحتوي على واحد نوكليوتيد الحالية ( SNP ) ، في حين cyp2d6 * 25 ألف تحتوي على 22 النيوكلوتايد .

xdrop التكنولوجيا يمكن أن تحدد بدقة جميع المتغيرات 23 ، بما في ذلك المرحلة ( انظر الرسم البياني أدناه ) .

xdrop يدعم التطبيقات من خلال تصميم بسيط و غير مباشر التقاط تسلسل الحمض النووي شظايا طويلة ( ~ 100 كيلو بايت ) . جنبا إلى جنب مع قراءة طويلة التسلسل ، xdrop يتغلب على صعوبة تحديد الجينات في عينة واحدة غير متجانسة .

التخصيب عالية الدقة يمكن الكشف عن واحد أو أكثر من الحزب الوطني الاسكتلندي في الأليلات و دي نوفو العامة يمكن حل التغيرات الهيكلية .

3 - رصد التغيرات الهيكلية المعقدة في الجينات

تحليل مفصل القراءات عبر نقاط تبين أن هناك العديد من hpv18 مواقع التكامل في المنطقة على كروموسوم 8 . pacbio oxford , nanopore و illumina مجموعات البيانات تدعم تحديد مواقع التكامل .

xdrop التكنولوجيا هي طريقة جديدة تستهدف إثراء الحمض النووي ، فريدة من نوعها في أنه يمكن اختيار وإثراء تسلسل الحمض النووي الطبيعي شظايا . هذا يسمح لتخصيب أجزاء كبيرة من الجينوم ( حوالي 100 كيلو بايت ) ، بما في ذلك المناطق غير معروف . استخدام Xdrop ؟ هذا الأسلوب ليس فقط مناسبة لأنّ طويلة قراءة تسلسل ، ولكن أيضا يمكن أن توفر قيمة السياق معلومات قصيرة قراءة تسلسل .

4 - تسلسل المجهول مناطق الاهتمام بالارقام

تفاعل البلمرة المتسلسل ( PCR ) مسبار المستندة إلى الحمض النووي المستهدف أساليب التخصيب تتطلب كثافة التصميم الأمثل واكتمال المعرفة بالارقام . هذه الأساليب التقليدية قد فشلت أيضا في وصف بيئات الجينوم المعقدة ( على سبيل المثال ، تكرار المناطق ، والاختلافات الهيكلية ، ع المناطق الغنية ) و غير معروف و إعادة ترتيب المناطق . للتغلب على هذه القيود ، samplix وضعت طريقة جديدة microfluidics ، وهذا هو ، xdrop إثراء سير العمل على أساس غير مباشر تسلسل التقاط .

xdrop يمكن تخصيب الحمض النووي طول ( ~ 100 كيلو بايت ) من المنطقة المستهدفة التي تحتاج إلى تصميم زوج واحد من التمهيدي على الكشف عن تسلسل المقابلة جزء صغير من العائد على الاستثمار أو المنطقة الجانبية . إن amplicon مصممة للكشف عن اختيار وإثراء كامل طول بالارقام ، وأخيرا التقاط تسلسل .

استخدام Xdrop ؟ إن القدرة التقنية على التصدي لهذه التحديات الإقليمية تفتح الباب أمام التصدي للعديد من التحديات الإقليمية الأخرى التي قد تمثل نسبة كبيرة من الجينوم . Xdrop التخصيب جنبا إلى جنب مع قراءة طويلة وقصيرة قراءة تسلسل التكنولوجيا يمكن أن توفر ما يلزم من ارتفاع القرار ، حل سريع واقتصادي الجينوم المعقدة السيناريوهات ، تجاوز كامل تسلسل الجينوم .

5 - تحديد وتأكيد crispr تحرير الجينات

من خلال تصميم بسيط و غير مباشر التقاط تسلسل الحمض النووي شظايا طويلة ، xdrop يساعد على تحديد مواقع الإدراج المعدلة وراثيا التي عادة ما تكون صعبة ومكلفة .

مؤشر ستوكاستيك التكامل في البناء ووجود تسلسل الجينوم المضيف تعقيد تحديد موقع التكامل . xdrop يجعل التحقق من هندسة الجينوم بسيطة وواضحة .

عملية تجريبية

مختلطة Dpcr كاشف

الحمض النووي هو إضافة إلى تفاعل البلمرة المتسلسل ( DPCR ) خليط يحتوي على استهداف محددة pri-mers . . . . . . .

2 . إنتاج قطرات على قرص

رد الفعل هو الاستغناء عن قطرة مولد رقاقة لإنتاج قطرات الماء في الماء ( دي ) .

عالية الدقة microdrop تفاعل البلمرة المتسلسل PCR ،

قطرات من خلال دورة الحرارية يمكن أن تعمل في وقت واحد مع الملايين من pcr-re العمليات . عن طريق الكشف عن قطرات الفلورسنت ، قطرات تحمل جزيئات الحمض النووي المستهدف يمكن تحديدها .

عد وفصل قطرات

الكشف والفصل تتم باستخدام جهاز فرز الخلايا ( FACS ) ، والتي يمكن جمع PCR إيجابية قطرات تحتوي على جزيئات الحمض النووي المستهدف

تضخيم الحمض النووي المخصب

إثراء جزيء واحد من الحمض النووي شظايا طويلة تم تضخيمها من قبل قطرات متعددة التشرد التضخيم ( DMDA ) لضمان غير متحيز تضخيم الحمض النووي وموحدة تغطي المنطقة المستهدفة .

المراجع

1. تعطل الجينات على نطاق السكان في البشرة البشرية الرئوية في الفئران عن طريق تسليم مكونات CRISPR-Cas9 بواسطة AAV هونغلين تشن ، ستيفن دورينك ، هيتال باتيل ، إلخ.

مول، هناك أساليب Clin. Dev. 2022. 27: 431–449; دوي: 10.1016/j.omtm.2022.10.016.

2. كشف تسلسل المسام النانوية المغنية بالهدف وتجميع de novo عن حدوث إعادة ترتيبات جينومية معقدة على الهدف الناجمة عن CRISPR-Cas9 في الخلايا البشرية Keyi Geng ، Lara G Merino ، Linda Wedemann ، إلخ.

قرار الجينوم. 2022. 32(10): 1876–1891; doi: 10.1101/gr.276901.122

3. وصف FMR1 تكرار التوسع والمتغيرات داخل الوراثة عن طريق التقاط التسلسل غير المباشر فالنتينا غروسو ، لوكا ماركولونغو ، سيمون ماستري ، إلخ.

الجبهة. جينيت 2021. 12: 743230; دوي: 10.3389/fgene.2021.743230

4. توليد وتحليل مبتكرة جينوميا إنسانية knockin SOD1 ، TARDBP (TDP-43) ، ونماذج الفأر FUS آني ديفوي ، جورجيا السعر ، فرانسيسكا دي جورجيو ، إلخ.

iScience. 2021. 24(12): 103463; دوي: 10.1016/j.isci.2021.103463

5- تؤدي عمليات حذف CRISPR/Cas9 إلى تأثيرات جينومية سلبية على الهدف تؤدي إلى الحمض النووي الوظيفي في الخلايا البشرية Keyi Geng، Lara Garcia Merino، Linda Wedemann، إلخ.

bioRxiv 2021.07.01.450727;

6. Alt-RPL36 ينظم مسار إشارة PI3K-AKT-mTOR عن طريق التفاعل مع TMEM24 Xiongwen Cao ، Alexandra Khitun ، Yang Luo ، إلخ.

طبيعة الاتصالات 12, 508, 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20841-6

7 - إعادة بناء ولادة كروموسوم جنسي ذكر موجود في الرنج الأطلسي رفاتي ن، تشن ج، هيربين أ، إلخ.

Proc Natl Acad Sci U.S.A. 29 سبتمبر 2020؛ 117(39):24359-24368. دوي: 10.1073/pnas.2009925117. Epub 2020 سبتمبر 16. PMID: 32938798.

8. التحقق من تحرير CRISPR وإيجاد الإدراجات المتحولة الوراثية عن طريق التقاط التسلسل غير المباشر Xdrop تليها تسلسل القراءة القصيرة والطويلة Blondal Thorarinn، Gamba Cristina، Jagd Lea M؟ إلر، إلخ.

طرق. 2021 يوليو; 191:68-77. دوي: 10.1016/j.ymeth.2021.02.003. Epub 2021 فبراير 12. PMID: 33582298.

9. Xdrop: تسلسل مستهدف لجزيئات الحمض النووي الطويلة من عينات المدخلات المنخفضة باستخدام فرز قطرات Madsen EB، H؟ ijer I, Kvist T, إلخ.

2020 سبتمبر 41(9):1671-1679. دوي: 10.1002/humu.24063. Epub 2020 يونيو 29. PMID: 32516842; PMCID: PMC7496172.

10. تحليل الجينوم الكامل القائم على الخلايا القراءة الطويلة للخلايا الفردية البشرية جوانا إتش؟ rd ، جيف إي القالب ، جيسبر أيسفيلدت ، إلخ.

2021bioRxiv 2021.04.13.439527;

11. تصحيح لـ "إنتاج مجموعة من خطوط iPSC المتماثلة والمتعدلة جينياً لجميع المتغيرات الرئيسية لـ APOE وخط إزالة APOE Schmid B ، Prehn KR ، Nimsanor N ، إلخ.

قرار الخلايا الجذعية. 2020 Sep 21; 48:102005. دوي: 10.1016/j.scr.2020.102005. Epub قبل الطباعة. خطأ لـ: قرار الخلايا الجذعية. 2019 يناير؛ 34:101349. PMID: 32971461.

العلاج بالخلايا ، العلاج بالخلايا ، cytotoxicity ، العلاج المناعي ، والخلايا القاتلة ، المناعة الخلوية ، خلايا الثدييات ، الخلايا الميكروبية ، خلية واحدة ، وظيفة الخلية ، تسلسل الجينات ، cytogenomics ، خلية واحدة التسلسل ، سانجر التسلسل ، نانوغرام ، بكر ، T7 endonuclease 1 عدم تطابق الكشف والتحليل ، تتبع الإدراج حذف تيدي ، amplicon التحليل ( IDAA ) كشف الإدراج حذف كامل تسلسل الجينوم WGS ، التهجين الجينومي المقارن CGH ، وجافاسكريبت الجنوبي ، Fiber-FISH、FISH、CRISPR/Cas