وفي النظم الإيكولوجية المائية السليمة ، تمثل كمية مناسبة من الكلوروفيل ألف النمو الطبيعي للنباتات والطحالب المائية ، التي تشكل أساس السلسلة الغذائية المائية وتوفر الغذاء والأكسجين للأسماك وغيرها من الكائنات المائية . ومع ذلك ، عندما المواد الغذائية ( مثل النيتروجين والفوسفور ) في المياه الزائدة ، تركيز الكلوروفيل أ سوف ترتفع بشكل حاد ، مما يؤدي إلى الإفراط في تكاثر الطحالب ، وهي ما نسميه " بلوم " أو " المد الأحمر " الظاهرة . هذا النوع من الظاهرة يمكن أن تدمر التوازن البيئي في المياه على محمل الجد ، تؤثر على بقاء الكائنات المائية .

تركيز الكلوروفيل أ في المياه أمر بالغ الأهمية ، لأنه يرتبط مباشرة بالمغذيات . اتخام المياه بالمغذيات هي واحدة من أهم المشاكل البيئية في المياه ، مما يؤدي إلى انخفاض الشفافية في المياه ، استهلاك الأوكسجين المذاب ، موت الأسماك ، وحتى إنتاج السموم الطحالب ، مما يشكل تهديدا خطيرا على صحة الإنسان والبيئة الايكولوجية . ولذلك ، من خلال رصد ومراقبة تركيز الكلوروفيل أ ، اتخام المياه بالمغذيات من المياه يمكن أن يكون فعالا في منع صحة النظم الإيكولوجية المائية والاستخدام المستدام للموارد المائية يمكن أن تكون مضمونة .

عندما تركيز الكلوروفيل أ يتجاوز المعايير الوطنية أو مجموعة مناسبة ، سلسلة من المشاكل البيئية الخطيرة التي يمكن أن تنشأ . وسوف يؤدي مباشرة إلى انخفاض حاد في شفافية المياه ، مما يؤثر على عملية التمثيل الضوئي للنباتات تحت الماء ، مما يؤدي إلى اختلال التوازن الهيكلي في النظم الإيكولوجية المائية . ثانيا ، عدد كبير من الطحالب تموت بعد التحلل سوف تستهلك الأوكسجين المذاب في الماء ، مما تسبب في نقص الأكسجين في المياه ، وحتى الأسماك وغيرها من الكائنات المائية تسبب في موت جماعي . ما هو أكثر خطورة هو أن بعض الطحالب ( مثل الطحالب الخضراء المزرقة ) يمكن أن تنتج السموم الطحالب ، هذه السموم ليس فقط على الكائنات المائية ، ولكن أيضا من خلال السلسلة الغذائية ، مما يهدد في نهاية المطاف سلامة مياه الشرب والصحة البشرية . على سبيل المثال ، عندما يكون تركيز الكلوروفيل أ عالية جدا ، والمياه قد تكون خضراء أو حتى خضراء مزرقة ، مع رائحة غريبة ، تؤثر تأثيرا خطيرا على المناظر الطبيعية واستخدام المياه وظيفة .