مشكلة توحيد البحوث النباتية : نهج موحد لجمع العينات وتحليل البيانات

من نحن

Wuxi Yuanqing Tianmu Biotechnology Co., Ltd

البريد الإلكتروني
info@tmaxtree.com
الهاتف
17368780338
العنوان
ز بناء ، المرحلة 2 ، وشى علوم الحياة الدولية والابتكار بارك ، no.196 Jinghui شرق الطريق ، منطقة شينوو ، ووشى

التاريخ:2025-12-05اقرأ:1

في السنوات الأخيرة ،دراسة النباتات البكتيريةمع التطور السريع في علم الأحياء الدقيقة في الأمعاء و الأمراض المزمنة ، وتطبيق البيئة فلورا ومع ذلك ، فإن التطور السريع في هذا المجال قد كشفت أيضا عن عنق الزجاجة الأساسية - عدم وجود عملية موحدة ، ولا سيما في جمع العينات ، وتخزين وتحليل البيانات ، مما يحد بشكل خطير من نتائج البحوث المقارنة والتكرار .

أولا ، هناك فرق كبير في طريقة جمع العينات . أخذ النباتات المعوية على سبيل المثال ، البراز ، خزعة مخاطية الأمعاء ، وحتى مسحة شرجية كانت تستخدم عينات من مختلف الدراسات . وقت أخذ العينات ( الصباح أو بعد الأكل ) ، درجة حرارة التخزين ( درجة الحرارة العادية ، 4 ℃ أو - 80 ℃ ) ، وقت النقل ، ما إذا كان أو لم يكن إضافة عامل الحماية ( مثل rnalater ) لم يتم التوصل إلى توافق في الآراء . هذه العوامل سوف تؤثر بشكل كبير على تكوين الكائنات الحية الدقيقة ، مما يؤدي إلى نفس السكان في مختلف الدراسات تظهر خصائص مختلفة من النباتات .

ثانيا ، هناك العديد من طرق استخراج الحمض النووي . مختلف مجموعات مختلفة من البكتيريا إيجابية الجرام أو الجراثيم كفاءة الانحلال الحراري ، مما أدى إلى وفرة الأنواع الانحراف . في وقت لاحق من amplicon تسلسل ( على سبيل المثال ، اف 16 الرنا الريباسي v3-v4 المنطقة ) ، التمهيدي الاختيار ، عدد دورات الاسترداد ، تسلسل منصة ( إيلومينا مقابل nanopore ) وغيرها من التفاصيل التقنية لزيادة تضخيم التباين في البيانات .

أكثر تعقيدا هو عملية تحليل البيانات . من تسلسل الأصلي لمراقبة الجودة ، اوتو التكتل أو ASV التقسيم ، قاعدة بيانات المحاذاة ( Greenenes ، سيلفا أو gtdb ) ، إلى حساب α / β التنوع واختيار النموذج الإحصائي ، وهناك العديد من الأدوات و المعلمات في كل خطوة . عدم وجود خط أنابيب موحد يجعل من المستحيل تقريبا دمج البحوث المتعددة الجنسيات ، كما يعوق تطوير عينة كبيرة من التحليل التلوي .

من أجل حل هذه المعضلة ، والأوساط الأكاديمية الدولية هي تعزيز عدد من مبادرات التوحيد . على سبيل المثال ، برنامج ميكروبيوتايي البشرية ( HMP ) و mibiogen التحالف قد أصدرت مبادئ توجيهية لمعالجة العينات . التحالف العالمي للمعايير الميكروبيولوجية ( GSC ) تدعو إلى استخدام البيانات الفوقية MIXS القياسية . qiime 2 ، mothur وغيرها من منصات مفتوحة المصدر مكرسة لتوفير تكرار عملية التحليل . وعلاوة على ذلك ، فإن عددا متزايدا من المجلات تتطلب من المؤلفين نشر البيانات الخام و رمز النزاهة من أجل تعزيز الشفافية .

في المستقبل ، إلا من خلال التعاون المتعدد المراكز ، وبناء قاعدة بيانات العينة النباتية وتحليل المعايير ، وتعزيز توافق الآراء على مستوى الصناعة ،دراسة النباتات البكتيريةيمكن أن يكون حقا من " العلم الوصفي " إلى " التنبؤ والتدخل " مرحلة جديدة من الدقة الطبية . التوحيد هو الطريق الوحيد إلى المستقبل .

المقالة الأخيرة:ما هي الحالات الناجحة من أجل تحسين تدفق عالية الجلد قطرة واحدة خلية فارز

المقالة التالية:الجيل التلقائي : ذكي تغيير خلية ثقافة