مختبر علم الأحياء الدقيقة عادة ما تشمل تنظيف المنطقة ، منطقة العمليات و منطقة معقمة ، ويمكن تقسيمها إلى إعداد غرفة ، غرفة الثقافة ، غرفة البكتيريا ، غرفة التعقيم ، غرفة معقمة ، وغيرها من الغرف . مختبر الميكروبية تختلف في تكوينها وحجمها حسب التخصص ( حماية البيئة ، والغذاء ، والأدوية ، والطب ، وما إلى ذلك ) و طبيعة ( التدريس ، والإنتاج ، والبحث العلمي ، والاختبار ، وما إلى ذلك ) .