الأمونيا النيتروجين كاشف يمكن تحديد محتوى الأمونيا النيتروجين في نوعية المياه في الموقع ، ومراقبة نوعية المياه في حالة مستقرة ، وتجنب التأثير على نمو الأسماك بسبب تدهور نوعية المياه .

مصادر الأمونيا النيتروجين في المياه هي أساسا من التحلل من المنتجات التي تحتوي على النيتروجين العضوي في مياه الصرف الصحي المنزلي تتأثر الكائنات الحية الدقيقة ، وبعض مياه الصرف الصناعي ، مثل فحم الكوك مياه الصرف الصحي ومياه الصرف الصحي من الأمونيا التركيبية مصنع الأسمدة ، والصرف الصحي في الأراضي الزراعية ، والإفراط في تغذية الأسماك والروبيان في تربية الأحياء المائية المياه ، وتراكم الكثير من الفضلات والإفراط في التسميد ، وهلم جرا . وبالإضافة إلى ذلك ، في بيئة خالية من الأوكسجين ، والنتريت في الماء يمكن أيضا أن تكون تحت تأثير الكائنات الحية الدقيقة ، والحد من الأمونيا . في البيئة الهوائية ، الأمونيا في الماء يمكن أن تتحول إلى النتريت أو مواصلة تحويلها إلى نترات .

الأمونيا النيتروجين في الماء موجود أساسا في شكل حر الأمونيا وأملاح الأمونيوم . سمية الأمونيا الحرة هو أكثر من عشر مرات من ملح الأمونيوم ، و يزيد مع زيادة القلوية . سمية الأمونيا النيتروجين لديها علاقة وثيقة مع قيمة الرقم الهيدروجيني ودرجة حرارة المياه في حوض السباحة . الأمونيا النيتروجين يضر الأسماك والروبيان ، على غرار النتريت . ولذلك ، من الضروري السيطرة على محتوى الأمونيا النيتروجين في المياه ، والتي يمكن أن تساعد في تقييم حالة التلوث الذاتي تنقية المياه .